实施全面预算是一个浩大的工程，而不是“制定好目标，填几张预算表”这么简单。
全面预算管理的复杂性，在于在实施过程中使企业的各级管理者、各个层面的人员须逐渐在公司总战略目标之下达成共识，形成一种思维方式，一种行为方式，形成一个持续的管理体系并融入到日常经营中，最终在公司形成一个有效的管理控制体系。
全面预算管理应包括以下关键内容，并且往往也是其实施的瓶颈所在：
1. 目标的确定：
总目标应与公司战略相一致，阶段性目标应结合公司发展的不同阶段和自身的管理水平等因素制定可实施、可实现的目标，高层切忌好高骛远，要实事求是的确定公司战略目标和阶段性目标，并得到企业经营管理层的认可，否则，就处于一个错误的起点上了。
2. 范围及模式的确定：
也不必对所有部门实施预算，要明确重点预算考核的业务和部门。集团预算实施范围的确定更复杂一些，管理模式的确定难度更大，主要体现在对资源的控制权的分配上。但不能够太繁琐，把握逐步推进的“度”。
3. 组织体系的明确：
界定全面预算管理的权力机构、管理机构、执行机构和监督机构。合理划分部门权责，才能界定预算的责任中心，如费用中心、成本中心、利润中心、投资中心。
4. 指标制定与分解：
对于企业浩如烟海的各种信息，应该根据战略和管控的需要设计出关键核心的指标，包含一定的关键信息，能够反映企业各责任中心主要的经营成果和业绩，这样才不至于整天被冗余信息所困扰，疲于算数、报数。
5. 信息化基础：
在很多具有一定规模的企业，在实施全面预算的初期，发现数据处理量激增，原来下属单位全面的业务及财务数据需要在预算编制阶段全部测算、复核、审查一遍，各级人员叫苦连天。这个问题也成为制约预算实施的瓶颈问题之一。很多企业不得不翻过头来重新设计开发信息软件，减少手工处理数据量。
